ประเทศญี่ปุ่นมีลักษณะเป็นหมู่เกาะซึ่งมีจำนวนมากกว่า 3,000 เกาะวางตัวอยู่ในมหาสมุทรแปซิฟิกทางตะวันออกของทวีปเอเชีย เกาะที่สำคัญเรียงจากเหนือไปใต้ได้แก่ฮกไกโด ฮนชู ชิโกกุ และคีวชู นอกจากนี้ยังมีหมู่เกาะริวกิวทางตอนใต้ของเกาะคีวชู ซึ่งเกาะทั้งหมดนี้เรียกรวมกันว่าหมู่เกาะญี่ปุ่น ญี่ปุ่นถูกล้อมรอบด้วยทะเลทุกด้าน ได้แก่ทะเลโอค็อตสค์ทางเหนือ ทะเลญี่ปุ่นทางตะวันตก ทะเลจีนตะวันออกทางตะวันตกเฉียงใต้ ทะเลฟิลิปปินส์ทางใต้ และมหาสมุทรแปซิฟิกทางตะวันออก พื้นที่ประมาณร้อยละ 70 เป็นภูเขา
ซึ่งไม่สามารถใช้เป็นที่อยู่อาศัยหรือทำการเพาะปลูกได้ เพราะมีลักษณะสูงชันและมีโอกาสที่จะเกิดดินถล่มจากแผ่นดินไหวหรือฝนที่ตกหนัก ประชากรญี่ปุ่นส่วนใหญ่จึงต้องอาศัยอยู่บริเวณชายฝั่งอย่างหนาแน่น และทำให้เมืองสำคัญในญี่ปุ่นมีประชากรหนาแน่นมาก
ใน พ.ศ. 2548 ญี่ปุ่นมีป่าไม้ร้อยละ 66.4 พื้นที่ทางการเกษตรร้อยละ 12.6 อาคารร้อยละ 4.9 พื้นน้ำร้อยละ 3.5 ถนนร้อยละ 3.5 และอื่น ๆ ร้อยละ 9
ประเทศญี่ปุ่นตั้งอยู่ในวงแหวนแห่งไฟ บริเวณรอยต่อระหว่างแผ่นเปลือกโลก 3 แผ่น
ทำให้เกิดแผ่นดินไหวความรุนแรงต่ำบ่อย ๆ และยังมีแผ่นดินไหวความรุนแรงสูงที่ทำให้เกิดความเสียหายร้ายแรงหลายครั้งในศตวรรษที่ผ่านมา
เช่นเหตุการณ์แผ่นดินไหวใหญ่ฮันชิน-อะวะจิ ใน พ.ศ. 2537 และแผ่นดินไหวชูเอะสึจังหวัดนีงาตะ ใน พ.ศ. 2547 เป็นต้น นอกจากนี้ การที่ญี่ปุ่นตั้งอยู่ในบริเวณวงแหวนแห่งไฟ ยังทำให้ญี่ปุ่นมีบ่อน้ำพุร้อนจำนวนมากทั่วประเทศ ซึ่งส่วนใหญ่ถูกพัฒนาให้กลายเป็นสถานที่ท่องเที่ยว ภูเขาฟูจิซึ่งเป็นยอดเขาที่สูงที่สุดในญี่ปุ่นก็เป็นภูเขาไฟ
